מכביש ראש פינה-קריית שמונה (כביש 90) פונים מזרחה כ-1.5 ק"מ לפני צומת כ"ח (בין סימני ק"מ 458-457), על פי השילוט. לאחר כקילומטר מגיעים לרחבת החניה של אגמון החולה קק"ל, ובסמוך לה נמצא מרכז המבקרים.

בשנת 1934 רכש יהושע חנקין את הזיכיון לייבוש עמק החולה. כ-31,000 דונם ביצות ואגם שהשתרע על כ-14,000 דונם כיסו את העמק. רכישת הזיכיון עוררה התלהבות עצומה: "אל החולה נעפילה וביצותיה נייבש / אנו עולים הגלילה את החולה קום ורש", שרו אז בהתלהבות.
לאחר קום המדינה הוטלה מלאכת הייבוש על קק"ל. זה היה בשעתו גדול המבצעים ההנדסיים שידעה המדינה. בעקבות הייבוש נוספו כ-65,000 דונם קרקע (לרבות ביצות עונתיות), ושטחים ניכרים ניתנו ליישובי ההר, שסבלו ממחסור בקרקעות לעיבוד חקלאי.
האדמות ששכנו מתחת לאגם התבררו כפוריות מאוד. אדמות הכבול שנחשפו היו בעייתיות – החומר האורגני בכבול יבש מתפרק עם הזמן והקרקע "שוקעת". באזור שנמצא כ-2 ק"מ מצפון לאגם המקורי, שם הייתה שכבת כבול עבה במיוחד, שקעה הקרקע ביותר מ-3 מ'. הגשמים העזים של חורף 1991–1992 גרמו להצפות בקנה מידה נרחב. בשנת 1994 הציפה קק"ל את האזור ויצרה אגם המשתרע על כ-1,000 דונם, ומאז הפך האגם לאתר טבע ולאתר תיירות טבע מיוחד במינו. אחד החקלאים שעיבדו את השטח הוא עזרא יסעור, חבר קיבוץ מלכיה. יסעור עוד זכה להכיר את הביצות ואת האגם במלוא תפארתם, מהימים שלפני הייבוש. התיאורים שלו מזכירים את תיאוריו של ההרפתקן הסקוטי ג'והן מקגריגור, ששט בחולה לאורך הירדן עם סירתו "רוב רוי": "מצאתי את עצמי לפתע בפתחו של אגם קטן ונהדר, שנראה כאילו לקוח מעולם הדמיון [...] באמצע האגם ניבטו כמה איים קטנטנים. גומא ירוק סגר על האגם מכל עבר, גומא זקוף שדמותו שלמה וחדה" (רוב רוי על הירדן, משרד הביטחון – ההוצאה לאור, תרגום: עמיהוד ארבל).

יסעור העלה לפני קק"ל רעיון: להקים גן בוטני של צמחי מים ולהשיב אליו את הצמחים שפיארו בעבר את עמק החולה, ושרבים מהם הפכו מאז ייבוש הביצה לנדירים ואחדים אף נכחדו לגמרי.
הרעיון קרם עור וגידים. קק"ל הקימה בכניסה לאגמון החולה קק"ל גן בוטני המשתרע על פני 14 דונם. חפרו בריכות ותעלות, בנו שבילים וגשרים, שתלו עצים. יסעור, באישור מיוחד מרשות הטבע והגנים, התחיל להביא צמחים מפינות נשכחות בעמק החולה, ממעיינות נידחים בגולן וגם מגנים בוטניים ברחבי הארץ.
התוצאה מרהיבה. מדובר לא במוזאון צמחים, אלא בגן בוטני שנמצא במקומו הטבעי. הנוף מרהיב עין: מבט מזרחה – הגולן; מבט מערבה – החומה של הרי נפתלי; ובתווך – עמק החולה הירוק, מעובד כולו. המבקר מוצא את עצמו באזור חי ותוסס, המדגים דו-קיום אמיתי בין חקלאות וטבע.
בגן הבוטני יש כבר 70 מינים של צמחי מים ומקומות לחים. שמותיהם, למי שמתעניין, רשומים בגן ליד הצמחים עצמם. "כל הצמחים מקומיים והם חלק מעברו של עמק החולה", אומרת נעמי מרגלית, אוצרת הגן. "לא נביא לכאן צמחים אקזוטיים מארצות אחרות".
בזכות הקשר הישיר של הגן הבוטני עם הטבע מסביב הוא משמש מקום מקלט גם לבעלי חיים. דגים כמו נאווית הנחלים ואמנון מצוי התבססו היטב במי הבריכות של הגן. מקום אחד בגן כבר ידוע כמקום מעבר של לוטרה (כלב נהר, בעל חיים נדיר מאין כמוהו בישראל) שחיה בעמק החולה.