לעיירה פאלוג'ה יש עבר ארוך. על פי מסורת הכפר, היישוב נקרא בעבר זורייק אל-חנדק. מאוחר יותר בא לכפר איש הדת הסופי אל-שיהאב א-דין פאלוג'י ומאז הכפר נקרא על שמו. בתקופה הצלבנית נכלל הכפר ברוזנות אשקלון. הסוקרים של הקרן הבריטית לחקירת ארץ ישראל תיארו את פאלוג'ה והכפרים השכנים לו כ"כפרי בוץ" – בתים שקירותיהם בנויים לבני בוץ שיובשו בשמש. בכפר היה גם מבנה בן שלושה חדרים, מקורה בשלוש כיפות, שהוקדש לזכרו של שיח' אחמד אל-פלוג'י ושימש מסגד.
בתקופת המנדט התפשט הכפר אל מעבר לגדה הצפונית של נחל לכיש, וערב מלחמת העצמאות שכנה כאן עיירה שיותר מ-5,000 איש התגוררו בה. התושבים התפרנסו בעיקר מחקלאות וממלאכה. בשל מיקומה האסטרטגי של פאלוג'ה התקיים בה שוק אזורי שפעל בימים רביעי וחמישי.
במבצע יואב, שנערך במלחמת העצמאות (15­-22 באוקטובר 1948), כבש צה"ל שטחים נרחבים בנגב. חטיבה מצרית ששהתה באזור פאלוג'ה מצאה עצמה מוקפת בכוחות צה"ל. המובלעת המצרית ובה אלפי חיילים נודעה בכינוי כיס פאלוג'ה. במשך ארבעה חודשים וחצי צר צה"ל על הכיס, אך המצרים לא נכנעו. ב-28 בדצמבר 1948 תקפה חטיבת אלכסנדרוני את המצרים (מבצע חיסול). הקרב הסתיים בכישלון ובמותם של 87 לוחמים. כיס פאלוג'ה פונה בעקבות דיוני שביתת הנשק של ישראל ומצרים.

מי שנוסע מצומת פלוגות מערבה, אינו יכול להתעלם מהעצים המרשימים של פיקוס השדרות הנטועים בצד הדרך. עצים אלה, כיום חלק מיער פלוגות, עיטרו את הכפר פאלוג'ה, ועל נטיעתם למדנו ממאיר מינדל, איש קיבוץ נגבה שגם עורך סיורים בסביבה.
מעשה שהיה כך היה. קיבוץ נגבה עלה על הקרקע ב-1939 בודד בין כפרים ערביים. כדי לטפח שכנות טובה נהג רופא הקיבוץ, ד"ר יעקב (קובה) רותם, לרכוב על סוסתו אל הכפרים ולטפל בהתנדבות בחוליהם.
לאחר שהיחסים התחממו דיים, ביקש יום אחד שיח' מוחמד עוואד מפאלוג'ה לבקר בנגבה. הביקור נערך בט"ו בשבט תש"ד (1944). שיירת המכוניות של השיח' נסעה למשטרת עיראק סואידן, פנתה בדרך עפר צפונה ונכנסה לנגבה. המשלחת נהנתה מתקרובת שהוגשה בצריף חדר האוכל ומסיור ברחבי המשק, אך יותר מכל משכה את תשומת לבו של השיח' שורה של עצי פיקוס מבריקים. לאחר שקיבל הסבר מגנן הקיבוץ על אופן גידול העצים, ביקש שיח' עוואד לסייע לו לנטוע שדרת עצי פיקוס שתפאר גם את הכניסה לפאלוג'ה.
אנשי נגבה נענו ברצון. הם פנו לאברהם קריניצי, יושב ראש המועצה המקומית כפר גנים (לימים רמת גן), והוא השיג להם את השתילים במחיר 89.84 לירות ארץ ישראליות. איכרי פאלוג'ה נטעו את השתילים, והרי הם מלבלבים כאן עד עצם היום הזה.

הגישה לבאר נוחה מאוד. דרך עפר כבושה יוצאת מהכביש ועוברת ליד מאגר נתיב הל"ה. הבאר נמצאת כ-300 מ' מהכביש, צמודה לצידה המערבי של הדרך. זו הייתה אחת הבארות של פאלוג'ה. קוטר הבאר כ-2.8 מ', והיא בנויה אבני קרטון מהוקצעות שהוצמדו זו לזו במלט ולקרקע שמסביב בטיח ובבוץ.
בינואר 2018 נוקתה הבאר מהפסולת ומהבוץ שהיו בה. עומקה כיום כארבעה מטרים אך בעבר היא הייתה עמוקה יותר והגיעה עד מי התהום. בצידה הדרומי התגלו חלקי תעלות וקירות שלא שרדו. ייתכן שאלה הם חלקים של אנטיליה – מתקן שאיבה עשוי שרשרת ארוכה של כלי קיבול למים. השרשרת קבועה על גלגל, שמוריד את הכלים לבאר ומעלה אותם. כל כלי מתמלא בתורו, וכשהוא משלים את הסיבוב בראש השרשרת, המים נשפכים ממנו ומועברים לבריכה. מתקני אנטיליה יעילים רק בבארות שמפלס המים בהן גבוה.
ליד הבאר הציבה קק"ל שני שולחנות פיקניק.