השם העברי נחל קיני שואב את שמו משני מקורות היסטוריים. המקור הקדום יותר הם הזיכרונות של פרעה תחותמס השלישי, שיצא בשנת 1458 לפני הספירה למסע עונשין נגד ערי כנען המורדות. הצבא המצרי בחר לעבור בנחל עירון היישר למגידו. מגידו נפלה לאחר כשבעה חודשי מצור ובתיאור הקרב מוזכר שהמלך הגיע אל שפת נחל קינה, לדרומה של מגידו.
השם קיני נקשר גם בשבט בשם זה, שנזכר גם הוא בשירת דבורה כבן האזור. סיסרא, שר צבאו של יבין מלך חצור, נס מפני דבורה וברק ומצא מחסה אצל יעל אשת חבר הקיני.
בכך לא תמו קורותיו של הנחל. סמוך למעיינות בחרו הרומאים להקים את מחנה הלגיון. תחילה כנראה שכן כאן הלגיון השני טריאנה ואחר כך הלגיון השישי פראטה. מחנה הלגיון פעל מראשית המאה השנייה עד ראשית המאה הרביעית לספירה. המחנה חלש על סעיף הדרך החשובה שהובילה מקיסריה לבית שאן. בצומת עברה גם הדרך לציפורי, שהייתה עיר חשובה באותם ימים.
בתקופה הרומית שכנה במקום העיירה כפר עותאני, ובה התגוררו יהודים ושומרונים. נראה כי בתקופה הביזנטית הפך היישוב לנוכרי ואז הוא נקרא מקסימיאנופוליס. היישוב הזה הותיר אחריו פסיפס רצפת נדירה מאין כמותה, שהתגלתה בתחום כלא מגידו (מדרום לכביש 66). הפסיפס נושא כתובות מרתקות. אחת מהן מספרת שקצין בצבא הרומי בשם גאיאנוס תרם מכספו לבניית רצפת הפסיפס.
כתובת אחרת מזכירה אישה בשם אקפטוס, אוהבת האל, שתרמה את המזבח לאל ישו כריסטוס. זהו בית התפילה הראשון בעולם שבו נזכר ישו בשמו. בעתיד מתכוונים להעתיק את מקומו של כלא מגידו כדי להציג את הפסיפס לעולי רגל נוצרים.
למסכת היישובים במקום שייך גם הכפר הערבי לגיו, שנוסד במאה ה-19 וננטש במלחמת העצמאות. הכפר מנציח בשמו את זכר מחנה הלגיון הרומי. בגדה הצפונית של נחל קיני נשמר בית הקברות של הכפר ומצפון לו שוכן קיבוץ מגידו.